Finalmente è possibile firmare con firma digitale qualificata sia in formato PAdES (pdf) che CAdES (p7m) che XAdES sotto Linux con software python open source.
Gli script che permettono di eseguire tutte e tre le tipologie di firma si trovano qui firma-digitale.
Riporto inoltre il link ad un software con interfaccia grafica sviluppato da Tiziano Bacocco FirmaDigitaleOpen col quale è possibile firmare in formato PAdES e CAdES.
L'interfaccia è minimale ma permette di fare tutto quello che serve. È possibile firmare anche con una firma visibile sul documento, selezionando pagina e posizione.

Per apporre la firma in più di una pagina o posizione è sufficiente firmare nuovamente il documento già firmato, quante volte si vuole, ovviamente avendo cura di rinominare i files.
Ho verificato che il risultato è valido ed è equivalente a quello che si ottiene con Dike apponendo la firma in più posizioni.